Интеркултуру су основали радници у образовању који су препознали потребу да се младима у Србији омогући да учествују у међународним разменама и кроз непосредно интеркултурално искуство развију знања, вештине и ставове који су им потребни да постану грађани света.
Удружење Интеркултура су 2008. регистровали људи који су осамдесетих година и сами учествовали у АФС програмима размене. Ови програми су постојали у Југославији у оквиру тадашњег Каравана, Бироа за међународну размену омладине и студената, од 1966. до 1992., када су се због несрећних догађаја у региону угасили. У периоду од 1966. до 1992. у овим програмима је учествовало око 800 омладинаца из Југославије, док је око 600 младих из страних земаља било на годишњим или краћим програмима размене у Југославији.
Интеркултура је прибавивши формалну подршку Министарства просвете и Министарства спољних послова почела да спроводи програме међународне размене ученика. Oд 2008. године из Србије је на годишње и тромесечне програме размене отишло преко 100 ученика, колико је отприлике у Србији боравило страних ученика на размени. Поред годишњих и тромесечних размена ученика, Интеркултура je организовала и велики број размена одељења, у којима су учествовале десетине средњих и основних школе из целе Србије.
Интеркултура је 2010. званично постала огранак мреже АФС интеркултурални програми у Србији и активан члан Европске федерације за интеркултурално учење (ЕФИЛ), кровне организације за АФС у Европи.
Данас Интеркултура има разгранату мрежу чланова, односно волонтера, широм Србије, који у својим местима реализују образовне активности. У Београду постоји канцеларија организације која пружа административну подршку.